ACミラン(イタリア)、
CSKAモスクワ(ロシア)、
クラブ・ブルージュ(ベルギー)、
NECナイメヘン(オランダ)、
アストンヴィラ(イングランド)、
アヤックス(オランダ)、
ウォルフスブルク(ドイツ)、
ウディネーゼ(イタリア)、
オリンピアコス・ピラエウス(ギリシャ)、
ガラタサライ(トルコ)、
コペンハーゲン(デンマーク)、
サンテティエンヌ(フランス)、
サンプドリア(イタリア)、
シャルケ04(ドイツ)、
シュツットガルト(ドイツ)、
ジリナ(スロバキア)、
スタンダール(ベルギー)、
スパルタク・モスクワ(ロシア)、
スラヴィア・プラハ(チェコ共和国)、
セビージャ(スペイン)、
ディナモ・ザグレブ(クロアチア)、
デポルティーボ・ラコルーニャ(スペイン)、
トウェンテ(オランダ)、
トットナム(イングランド)、
ナンシー(フランス)、
ハンブルガーSV(ドイツ)、
パリSG(フランス)、
パルチザン・ベオグラード(セルビア)、
フェイエノールト(オランダ)、
ブラガ(ポルトガル)、
ヘーレンフェーン(オランダ)、
ヘルタ・ベルリン(ドイツ)、
ベンフィカ(ポルトガル)、
ポーツマス(イングランド)、
マンチェスター・シティー(イングランド)、
メタリスト・ハルキウ(ウクライナ)、
ラシン・サンタンデル(スペイン)、
レック・ポズナン(ポーランド)、
ローゼンボリ(ノルウェー)、
バレンシア(スペイン)
1回戦
| 2008.9.16 1st-leg |
| APOELニコシア | 1 | - | 4 | シャルケ04 |
| ノアシェラン | 0 | - | 2 | オリンピアコス・ピラエウス |
| ヘルタ・ベルリン | 2 | - | 0 | セントパトリックス・アスレティック |
| 2008.9.18 1st-leg |
| ACミラン | 3 | - | 1 | チューリッヒ |
| FKモスクワ | 1 | - | 2 | コペンハーゲン |
| NECナイメヘン | 1 | - | 0 | ディナモ・ブカレスト |
| SKブラン | 2 | - | 0 | デポルティーボ・ラコルーニャ |
| ウォルフスブルク | 1 | - | 0 | ラピド・ブカレスト |
| エヴァートン | 2 | - | 2 | スタンダール |
| オモニア・ニコシア | 1 | - | 2 | マンチェスター・シティー |
| アウストリア・ウィーン | 2 | - | 1 | レック・ポズナン |
| カイセリスポル | 1 | - | 2 | パリSG |
| サンプドリア | 5 | - | 0 | カウナス |
| ジリナ | 1 | - | 1 | レフスキ・ソフィア |
| スラヴィア・プラハ | 0 | - | 0 | バスルイ |
| スラヴェン・コプリヴニツァ | 1 | - | 2 | CSKAモスクワ |
| セツバル | 1 | - | 1 | ヘーレンフェーン |
| セビージャ | 2 | - | 0 | ザルツブルク |
| チェルノ・モレ・ヴェルナ | 1 | - | 2 | シュツットガルト |
| ディナモ・ザグレブ | 0 | - | 0 | スポルタ・プラハ |
| トットナム | 2 | - | 1 | ヴィスラ・クラクフ |
| ドルトムント | 0 | - | 2 | ウディネーゼ |
| ナポリ | 3 | - | 2 | ベンフィカ |
| ナンシー | 1 | - | 0 | マザーウェル |
| ハポエル・テルアビブ | 1 | - | 2 | サンテティエンヌ |
| ハンブルガーSV | 0 | - | 0 | ルジチェニ |
| バニク・オストラバ | 0 | - | 1 | スパルタク・モスクワ |
| フェイエノールト | 0 | - | 1 | カルマル |
| ブラガ | 4 | - | 0 | アルトメディア・ペトルジャルカ |
| ブレンビー | 1 | - | 2 | ローゼンボリ |
| ベシクタシュ | 1 | - | 0 | メタリスト・ハルキウ |
| ベリンツォーナ | 3 | - | 4 | ガラタサライ |
| ボラッツ | 1 | - | 4 | アヤックス |
| ポリテクニカ・ティミショアラ | 1 | - | 1 | パルチザン・ベオグラード |
| ポーツマス | 2 | - | 0 | ヴィトーリア・ギマランイス |
| マリティモ | 0 | - | 1 | バレンシア |
| ヤングボーイズ | 2 | - | 2 | クラブ・ブルージュ |
| ラシン・サンタンデル | 1 | - | 0 | ホンカ |
| リテクス・ロヴェチ | 1 | - | 3 | アストンヴィラ |
| レンヌ | 2 | - | 1 | トウェンテ |
| 2008.9.30 2nd-leg |
| CSKAモスクワ | 1 | - | 0 | スラヴェン・コプリヴニツァ |
| セントパトリックス・アスレティック | 0 | - | 0 | ヘルタ・ベルリン |
| 2008.10.2 2nd-leg |
| クラブ・ブルージュ | 2 | - | 0 | ヤングボーイズ |
| アストンヴィラ | 1 | - | 1 | リテクス・ロヴェチ |
| アヤックス | 2 | - | 0 | ボラッツ |
| アルトメディア・ペトルジャルカ | 0 | - | 2 | ブラガ |
| ウディネーゼ | 0 | - | 2 | ドルトムント |
| オリンピアコス・ピラエウス | 5 | - | 0 | ノアシェラン |
| カウナス | 1 | - | 2 | サンプドリア |
| カルマル | 1 | - | 2 | フェイエノールト |
| ガラタサライ | 2 | - | 1 | ベリンツォーナ |
| ヴィトーリア・ギマランイス | 2 | - | 2 | ポーツマス |
| コペンハーゲン | 1 | - | 1 | FKモスクワ |
| サンテティエンヌ | 2 | - | 1 | ハポエル・テルアビブ |
| ザルツブルク | 0 | - | 2 | セビージャ |
| シャルケ04 | 1 | - | 1 | APOELニコシア |
| シュツットガルト | 2 | - | 2 | チェルノ・モレ・ヴェルナ |
| スタンダール | 2 | - | 1 | エヴァートン |
| スパルタク・モスクワ | 1 | - | 1 | バニク・オストラバ |
| スポルタ・プラハ | 3 | - | 3 | ディナモ・ザグレブ |
| チューリッヒ | 0 | - | 1 | ACミラン |
| ディナモ・ブカレスト | 0 | - | 0 | NECナイメヘン |
| デポルティーボ・ラコルーニャ | 2 | - | 0 | SKブラン |
| トウェンテ | 1 | - | 0 | レンヌ |
| バスルイ | 1 | - | 1 | スラヴィア・プラハ |
| パリSG | 0 | - | 0 | カイセリスポル |
| パルチザン・ベオグラード | 1 | - | 0 | ポリテクニカ・ティミショアラ |
| ヘーレンフェーン | 5 | - | 2 | セツバル |
| ベンフィカ | 2 | - | 0 | ナポリ |
| ホンカ | 0 | - | 1 | ラシン・サンタンデル |
| マザーウェル | 0 | - | 2 | ナンシー |
| マンチェスター・シティー | 2 | - | 1 | オモニア・ニコシア |
| メタリスト・ハルキウ | 4 | - | 1 | ベシクタシュ |
| ラピド・ブカレスト | 1 | - | 1 | ウォルフスブルク |
| ルジチェニ | 0 | - | 2 | ハンブルガーSV |
| レック・ポズナン | 4 | - | 2 | アウストリア・ウィーン |
| レフスキ・ソフィア | 0 | - | 1 | ジリナ |
| ローゼンボリ | 3 | - | 2 | ブレンビー |
| バレンシア | 2 | - | 1 | マリティモ |
| ヴィスラ・クラクフ | 1 | - | 1 | トットナム |
| PK |
| デポルティーボ・ラコルーニャ | 3 | - | 2 | SKブラン |
| ウディネーゼ | 4 | - | 3 | ドルトムント |
