順位表試合結果Ｊ１昇格プレーオフ
セレッソ大阪が来季Ｊ１昇格
| 2016.11.27 |
| 松本 | 1 | - | 2 | 岡山 |
| セ大阪 | 1 | - | 1 | 京都 |
| 2016.12.4 決勝 |
| セ大阪 | 1 | - | 0 | 岡山 |
Ｊ２・Ｊ３入れ替え戦
順位表
2016年 11月 20日 シーズン終了
| | 勝点 | Ｊ２ | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 点差 | 試合 | 平均 |
| 1 | 85 | 札幌 | 25 | 10 | 7 | 65 | 33 | 32 | 42 | 2.02 |
| 2 | 84 | 清水 | 25 | 9 | 8 | 85 | 37 | 48 | 42 | 2.00 |
| 3 | 84 | 松本 | 24 | 12 | 6 | 62 | 32 | 30 | 42 | 2.00 |
| 4 | 78 | セ大阪 | 23 | 9 | 10 | 62 | 46 | 16 | 42 | 1.86 |
| 5 | 69 | 京都 | 18 | 15 | 9 | 50 | 37 | 13 | 42 | 1.64 |
| 6 | 65 | 岡山 | 17 | 14 | 11 | 58 | 44 | 14 | 42 | 1.55 |
| 7 | 65 | 町田 | 18 | 11 | 13 | 53 | 44 | 9 | 42 | 1.55 |
| 8 | 59 | 横浜ＦＣ | 16 | 11 | 15 | 50 | 51 | -1 | 42 | 1.40 |
| 9 | 57 | 徳島 | 16 | 9 | 17 | 46 | 42 | 4 | 42 | 1.36 |
| 10 | 56 | 愛媛 | 12 | 20 | 10 | 41 | 40 | 1 | 42 | 1.33 |
| 11 | 53 | 千葉 | 13 | 14 | 15 | 52 | 53 | -1 | 42 | 1.26 |
| 12 | 53 | 山口 | 14 | 11 | 17 | 55 | 63 | -8 | 42 | 1.26 |
| 13 | 48 | 水戸 | 10 | 18 | 14 | 45 | 49 | -4 | 42 | 1.14 |
| 14 | 47 | 山形 | 11 | 14 | 17 | 43 | 49 | -6 | 42 | 1.12 |
| 15 | 47 | 長崎 | 10 | 17 | 15 | 39 | 51 | -12 | 42 | 1.12 |
| 16 | 46 | 熊本 | 12 | 10 | 20 | 38 | 53 | -15 | 42 | 1.10 |
| 17 | 45 | 群馬 | 11 | 12 | 19 | 52 | 66 | -14 | 42 | 1.07 |
| 18 | 43 | 東京ヴ | 10 | 13 | 19 | 43 | 61 | -18 | 42 | 1.02 |
| 19 | 43 | 讃岐 | 10 | 13 | 19 | 43 | 62 | -19 | 42 | 1.02 |
| 20 | 43 | 岐阜 | 12 | 7 | 23 | 47 | 71 | -24 | 42 | 1.02 |
| 21 | 39 | 金沢 | 8 | 15 | 19 | 36 | 60 | -24 | 42 | 0.93 |
| 22 | 38 | 北九州 | 8 | 14 | 20 | 43 | 64 | -21 | 42 | 0.90 |
昇格と降格
1位、2位 - Ｊ１リーグへ自動昇格
3～6位 - プレーオフ・トーナメントを行い、勝者が昇格
21位 - Ｊ３リーグの 2位と入れ替え戦を行い、敗れると降格
22位 - Ｊ３リーグへ自動降格
月間最優秀選手
| 10月 | 鄭 大世 | 清水エスパルス |
| 9月 | 山口 蛍 | セレッソ大阪 |
| 8月 | 松下 裕樹 | ザスパクサツ群馬 |
| 7月 | 鄭 大世 | 清水エスパルス |
| 6月 | 矢島 慎也 | ファジアーノ岡山 |
| 5月 | 内村 圭宏 | 北海道コンサドーレ札幌 |
| 4月 | 庄司 悦大 | レノファ山口 |
| 2月・3月 | 清武 功暉 | ロアッソ熊本 |
