概要
予選プレーオフ
20チームが 10組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。勝者がグループステージ進出。
FCバーゼル（スイス）、
シャルケ04（ドイツ）、
アーセナル（イングランド）、
アウストリア・ウィーン（オーストリア）、
ステアウア・ブカレスト（ルーマニア）
ACミラン（イタリア）、
セルティック（スコットランド）、
ゼニト・サンクトペテルブルク（ロシア）、
ビクトリア・プルゼニ（チェコ）、
レアル・ソシエダード（スペイン）
| 2013.8.20 1st-leg |
| PSVアイントホーフェン | 1 | - | 1 | ACミラン |
| シャフタル・カラガンディ | 2 | - | 0 | セルティック |
| ビクトリア・プルゼニ | 3 | - | 1 | マリボル |
| フェレイラ | 1 | - | 4 | ゼニト・サンクトペテルブルク |
| リヨン | 0 | - | 2 | レアル・ソシエダード |
| 2013.8.21 1st-leg |
| シャルケ04 | 1 | - | 1 | PAOK |
| ステアウア・ブカレスト | 1 | - | 1 | レギア・ワルシャワ |
| ディナモ・ザグレブ | 0 | - | 2 | アウストリア・ウィーン |
| フェネルバフチェ | 0 | - | 3 | アーセナル |
| ルドゴレツ | 2 | - | 4 | FCバーゼル |
| 2013.8.27 2nd-leg |
| FCバーゼル | 2 | - | 0 | ルドゴレツ |
| PAOK | 2 | - | 3 | シャルケ04 |
| アーセナル | 2 | - | 0 | フェネルバフチェ |
| アウストリア・ウィーン | 2 | - | 3 | ディナモ・ザグレブ |
| レギア・ワルシャワ | 2 | - | 2 | ステアウア・ブカレスト |
| 2013.8.28 2nd-leg |
| ACミラン | 3 | - | 0 | PSVアイントホーフェン |
| セルティック | 3 | - | 0 | シャフタル・カラガンディ |
| ゼニト・サンクトペテルブルク | 4 | - | 2 | フェレイラ |
| マリボル | 0 | - | 1 | ビクトリア・プルゼニ |
| レアル・ソシエダード | 2 | - | 0 | リヨン |
予選 3回戦
30チームが 15組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。勝者がプレーオフ進出。
FCバーゼル（スイス）、
レギア・ワルシャワ（ポーランド）、
ルドゴレッツ・ラズグラッド（ブルガリア）、
ステアウア・ブカレスト（ルーマニア）、
マリボル（スロベニア）、
セルティック（スコットランド）、
シャフタル・カラガンディ（カザフスタン）、
アウストリア・ウィーン（オーストリア）、
ビクトリア・プルゼニ（チェコ）、
ディナモ・ザグレブ（クロアチア）、
ゼニト・サンクトペテルブルク（ロシア）、
フェネルバフチェ（トルコ）、
PAOK（ギリシャ）、
PSVアイントホーフェン（オランダ）、
リヨン（フランス）
| 2013.7.30 1st-leg |
| FCバーゼル | 1 | - | 0 | マッカビ・テルアビブ |
| PAOK | 0 | - | 2 | メタリスト・ハルキフ |
| PSVアイントホーフェン | 2 | - | 0 | ズルテ・ワレヘム |
| アウストリア・ウィーン | 1 | - | 0 | ハプナフィヨルズル |
| シャフタル・カラガンディ | 3 | - | 0 | スカンデルベグ・コルセ |
| ディナモ・ザグレブ | 1 | - | 0 | シェリフ・ティラスポル |
| ディナモ・トビリシ | 0 | - | 2 | ステアウア・ブカレスト |
| ノアシェラン | 0 | - | 1 | ゼニト・サンクトペテルブルク |
| ノーメ・カリュ | 0 | - | 4 | ビクトリア・プルゼニ |
| リヨン | 1 | - | 0 | グラスホッパーズ |
| 2013.7.31 1st-leg |
| APOELニコシア | 1 | - | 1 | マリボル |
| ザルツブルク | 1 | - | 1 | フェネルバフチェ |
| セルティック | 1 | - | 0 | エルフズボリ |
| モルデ | 1 | - | 1 | レギア・ワルシャワ |
| ルドゴレッツ・ラズグラッド | 2 | - | 1 | パルチザン・ベオグラード |
| 2013.8.6 2nd-leg |
| グラスホッパーズ | 0 | - | 1 | リヨン |
| スカンデルベグ・コルセ | 3 | - | 2 | シャフタル・カラガンディ |
| ステアウア・ブカレスト | 1 | - | 1 | ディナモ・トビリシ |
| パルチザン・ベオグラード | 0 | - | 1 | ルドゴレッツ・ラズグラッド |
| フェネルバフチェ | 3 | - | 1 | ザルツブルク |
| マッカビ・テルアビブ | 3 | - | 3 | FCバーゼル |
| マリボル | 0 | - | 0 | APOELニコシア |
| 2013.8.7 2nd-leg |
| エルフズボリ | 0 | - | 0 | セルティック |
| シェリフ・ティラスポル | 0 | - | 3 | ディナモ・ザグレブ |
| ズルテ・ワレヘム | 0 | - | 3 | PSVアイントホーフェン |
| ゼニト・サンクトペテルブルク | 5 | - | 0 | ノアシェラン |
| ハプナフィヨルズル | 0 | - | 0 | アウストリア・ウィーン |
| ビクトリア・プルゼニ | 6 | - | 2 | ノーメ・カリュ |
| メタリスト・ハルキフ | 1 | - | 1 | PAOK |
| レギア・ワルシャワ | 0 | - | 0 | モルデ |
※メタリスト・ハルキフ（ウクライナ）は
PAOK（ギリシャ）に勝って予選プレーオフ進出したが、
過去の八百長事件に関与したとして 2013年 8月 14日に
欧州サッカー連盟によって失格処分となった。
メタリストは不服とし、スポーツ仲裁裁判所に異議申し立てを行ったが、却下された。
予選 2回戦
34チームが 17組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。勝者が予選 3回戦進出。
シャフタル・カラガンディ（カザフスタン）、
スカンデルベグ・コルセ（アルバニア）、
シェリフ・ティラスポル（モルドヴァ）、
ディナモ・トビリシ（ジョージア）、
セルティック（スコットランド）、
ビクトリア・プルゼニ（チェコ）、
エルフズボリ（スウェーデン）、
ディナモ・ザグレブ（クロアチア）、
ノーメ・カリュ（エストニア）、
ハプナフィヨルズル（アイスランド）、
マッカビ・テルアビブ（イスラエル）、
モルデ（ノルウェー）、
ステアウア・ブカレスト（ルーマニア）、
パルチザン・ベオグラード（セルビア）、
マリボル（スロベニア）、
ルドゴレッツ・ラズグラッド（ブルガリア）、
レギア・ワルシャワ（ポーランド）
| 2013.7.16 1st-leg |
| BATEボリソフ | 0 | - | 1 | シャフタル・カラガンディ |
| エクラナス | 0 | - | 1 | ハプナフィヨルズル |
| シェリフ・ティラスポル | 1 | - | 1 | スティエスカ |
| ステアウア・ブカレスト | 3 | - | 0 | ヴァルダル・スコピエ |
| ディナモ・トビリシ | 6 | - | 1 | ストレイムル |
| ビクトリア・プルゼニ | 4 | - | 3 | ゼリエズニカル |
| ビルキルカラ | 0 | - | 0 | マリボル |
| フォラ・エッシュ | 0 | - | 5 | ディナモ・ザグレブ |
| 2013.7.17 1st-leg |
| HJKヘルシンキ | 0 | - | 0 | ノーメ・カリュ |
| エルフズボリ | 7 | - | 1 | ダウガヴァ |
| クリフトンビル | 0 | - | 3 | セルティック |
| ザ・ニュー・セインツ | 1 | - | 3 | レギア・ワルシャワ |
| シラク | 1 | - | 1 | パルチザン・ベオグラード |
| ジェール | 0 | - | 2 | マッカビ・テルアビブ |
| スライゴ | 0 | - | 1 | モルデ |
| スロバン・ブラチスラバ | 2 | - | 1 | ルドゴレッツ・ラズグラッド |
| ネフチ・バクー | 0 | - | 0 | スカンデルベグ・コルセ |
| 2013.7.23 2nd-leg |
| シャフタル・カラガンディ | 1 | - | 0 | BATEボリソフ |
| スカンデルベグ・コルセ | 1 | - | 0 | ネフチ・バクー |
| スティエスカ | 0 | - | 5 | シェリフ・ティラスポル |
| ストレイムル | 1 | - | 3 | ディナモ・トビリシ |
| セルティック | 2 | - | 0 | クリフトンビル |
| ゼリエズニカル | 1 | - | 2 | ビクトリア・プルゼニ |
| ダウガヴァ | 0 | - | 4 | エルフズボリ |
| ディナモ・ザグレブ | 1 | - | 0 | フォラ・エッシュ |
| ノーメ・カリュ | 2 | - | 1 | HJKヘルシンキ |
| ハプナフィヨルズル | 2 | - | 1 | エクラナス |
| マッカビ・テルアビブ | 2 | - | 1 | ジェール |
| モルデ | 2 | - | 0 | スライゴ |
| ヴァルダル・スコピエ | 1 | - | 2 | ステアウア・ブカレスト |
| 2013.7.24 2nd-leg |
| パルチザン・ベオグラード | 0 | - | 0 | シラク |
| マリボル | 2 | - | 0 | ビルキルカラ |
| ルドゴレッツ・ラズグラッド | 3 | - | 0 | スロバン・ブラチスラバ |
| レギア・ワルシャワ | 1 | - | 0 | ザ・ニュー・セインツ |
予選 1回戦
4チームが 2組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。勝者が予選 2回戦に進出。
シラク（アルメニア）、
ストレイムル（フェロー諸島）
| 2013.7.2 1st-leg |
| シラク | 3 | - | 0 | トレ・ペンネ |
| リュシタノ | 2 | - | 2 | ストレイムル |
| 2013.7.9 2nd-leg |
| トレ・ペンネ | 1 | - | 0 | シラク |
| ストレイムル | 5 | - | 1 | リュシタノ |
