概要
優勝 セビージャ(スペイン)
準優勝 ミドルスブラ(イングランド)
決勝
| 2006.5.10 オランダ・アイントホーフェン |
| セビージャ | 4 | - | 0 | ミドルスブラ |
準決勝
| 2006.4.20 1st-leg |
| シャルケ04 | 0 | - | 0 | セビージャ |
| ステアウア・ブカレスト | 1 | - | 0 | ミドルスブラ |
| 2006.4.27 2nd-leg |
| セビージャ | 1 | - | 0 | シャルケ04 |
| ミドルスブラ | 4 | - | 2 | ステアウア・ブカレスト |
準々決勝
| 2006.3.30 1st-leg |
| セビージャ | 4 | - | 1 | ゼニト・サンクトペテルブルグ |
| レフスキ・ソフィア | 1 | - | 3 | シャルケ04 |
| ラピド・ブカレスト | 1 | - | 1 | ステアウア・ブカレスト |
| FCバーゼル | 2 | - | 0 | ミドルスブラ |
| 2006.4.6 2nd-leg |
| ゼニト・サンクトペテルブルグ | 1 | - | 1 | セビージャ |
| シャルケ04 | 1 | - | 1 | レフスキ・ソフィア |
| ステアウア・ブカレスト | 0 | - | 0 | ラピド・ブカレスト |
| ミドルスブラ | 4 | - | 1 | FCバーゼル |
4回戦
| 2006.3.9 |
| ミドルスブラ | 1 | - | 0 | ASローマ |
| ラピド・ブカレスト | 2 | - | 0 | ハンブルガーSV |
| リール | 1 | - | 0 | セビージャ |
| FCバーゼル | 2 | - | 0 | ストラスブール |
| ステアウア・ブカレスト | 0 | - | 0 | ベティス |
| パレルモ | 1 | - | 0 | シャルケ04 |
| ウディネーゼ | 0 | - | 0 | レフスキ・ソフィア |
| マルセイユ | 0 | - | 1 | ゼニト・サンクトペテルブルグ |
| 2006.3.15 |
| ASローマ | 2 | - | 1 | ミドルスブラ |
| ハンブルガーSV | 3 | - | 1 | ラピド・ブカレスト |
| セビージャ | 2 | - | 0 | リール |
| 2006.3.16 |
| ストラスブール | 2 | - | 2 | FCバーゼル |
| ベティス | 0 | - | 3 | ステアウア・ブカレスト |
| シャルケ04 | 3 | - | 0 | パレルモ |
| レフスキ・ソフィア | 2 | - | 1 | ウディネーゼ |
| ゼニト・サンクトペテルブルグ | 1 | - | 1 | マルセイユ |
3回戦
グループステージを勝ちあがった 24チームとチャンピオンズリーグの
グループステージ各組 3位の 8チーム、計 32チームが 16組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。
| 2006.2.15 |
| リテス・ロヴェチ | 0 | - | 2 | ストラスブール |
| ヘーレンフェーン | 1 | - | 3 | ステアウア・ブカレスト |
| ロコモティフ・モスクワ | 0 | - | 1 | セビージャ |
| ヘルタ・ベルリン | 0 | - | 1 | ラピド・ブカレスト |
| FCバーゼル | 1 | - | 0 | ASモナコ |
| ウディネーゼ | 3 | - | 0 | ランス |
| ローゼンボリ | 0 | - | 2 | ゼニト・サンクトペテルブルグ |
| クラブ・ブルージュ | 1 | - | 2 | ASローマ |
| シャルケ04 | 2 | - | 1 | エスパニョール |
| ベティス | 2 | - | 0 | AZアルクマール |
| アルトメディア | 0 | - | 1 | レフスキ・ソフィア |
| ボルトン | 0 | - | 0 | マルセイユ |
| リール | 3 | - | 2 | シャフタール・ドネツク |
| 2006.2.16 |
| トゥーン | 1 | - | 0 | ハンブルガーSV |
| シュツットガルト | 1 | - | 2 | ミドルスブラ |
| スラヴィア・プラハ | 2 | - | 1 | パレルモ |
| 2006.2.23 |
| ストラスブール | 0 | - | 0 | リテス・ロヴェチ |
| ステアウア・ブカレスト | 0 | - | 1 | ヘーレンフェーン |
| セビージャ | 2 | - | 0 | ロコモティフ・モスクワ |
| ラピド・ブカレスト | 2 | - | 0 | ヘルタ・ベルリン |
| ASモナコ | 1 | - | 1 | FCバーゼル |
| ランス | 1 | - | 0 | ウディネーゼ |
| ゼニト・サンクトペテルブルグ | 2 | - | 1 | ローゼンボリ |
| ASローマ | 2 | - | 1 | クラブ・ブルージュ |
| エスパニョール | 0 | - | 3 | シャルケ04 |
| AZアルクマール | 2 | - | 1 | ベティス |
| レフスキ・ソフィア | 2 | - | 0 | アルトメディア |
| マルセイユ | 2 | - | 1 | ボルトン |
| シャフタール・ドネツク | 0 | - | 0 | リール |
| ハンブルガーSV | 2 | - | 0 | トゥーン |
| ミドルスブラ | 0 | - | 1 | シュツットガルト |
| パレルモ | 1 | - | 0 | スラヴィア・プラハ |
