概要
グループステージ進出
ザマレク（エジプト）、
ZESCOユナイテッド（ザンビア）、
セティフ（アルジェリア）、
アルアハリ（エジプト）、
ASEC（コートジボワール）、
エニンバ（ナイジェリア）、
ビータ・クラブ（コンゴ民主共和）、
ウィダード・カサブランカ（モロッコ）
2回戦
1回戦を勝ち上がった 16チームが 8組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。
勝者はグループステージへ進出。敗者はアフリカ連盟カップへ進む。
| 2016.4.9 1st-leg |
| ASEC | 2 | - | 0 | アルアハリ・トリポリ |
| アルメリク | 2 | - | 2 | セティフ |
| ウィダード・カサブランカ | 2 | - | 0 | マゼンベ |
| ザマレク | 2 | - | 0 | MOベジャイア |
| ステイドマリエン | 1 | - | 3 | ZESCOユナイテッド |
| ヤングアフリカンズ | 1 | - | 1 | アルアハリ |
| 2016.4.10 1st-leg |
| エニンバ | 3 | - | 0 | サヘル |
| ビータ・クラブ | 1 | - | 0 | サンダウンズ |
| 2016.4.19 2nd-leg |
| MOベジャイア | 1 | - | 1 | ザマレク |
| ZESCOユナイテッド | 2 | - | 1 | ステイドマリエン |
| セティフ | 0 | - | 0 | アルメリク |
| 2016.4.20 2nd-leg |
| アルアハリ | 2 | - | 1 | ヤングアフリカンズ |
| アルアハリ・トリポリ | 2 | - | 1 | ASEC |
| サヘル | 3 | - | 0 | エニンバ |
| サンダウンズ | 2 | - | 1 | ビータ・クラブ |
| マゼンベ | 1 | - | 1 | ウィダード・カサブランカ |
1回戦
予選ラウンドを勝ち上がった 25チームと 1回戦から出場の 7チーム、
計 32チームが 16組に分かれてホーム＆アウェイで対戦。勝者は 2回戦進出。
| 2016.3.12 1st-leg |
| APR | 1 | - | 2 | ヤングアフリカンズ |
| ZESCOユナイテッド | 4 | - | 1 | ホロヤ |
| アルアハリ・トリポリ | 1 | - | 0 | アルヒラル |
| ウィダード・カサブランカ | 5 | - | 1 | CNaPS |
| カイザー・チーフス | 0 | - | 1 | ASEC |
| クラブ・アフリカーン | 1 | - | 0 | MOベジャイア |
| ステイドマリエン | 2 | - | 0 | コトン |
| サンダウンズ | 2 | - | 0 | レオパーズ |
| レクレティボ・リボロ | 0 | - | 0 | アルアハリ |
| 2016.3.13 1st-leg |
| エトワール・コンゴ | 1 | - | 1 | セティフ |
| エニンバ | 5 | - | 1 | ヴィタロ |
| オリンピック・フリブガ | 1 | - | 1 | サヘル |
| ケダス・ジョルギス | 2 | - | 2 | マゼンベ |
| ビータ・クラブ | 1 | - | 0 | マプト |
| ユニオン・ドゥアラ | 0 | - | 1 | ザマレク |
| ワリ・ウルブズ | 0 | - | 1 | アルメリク |
| 2016.3.19 2nd-leg |
| CNaPS | 2 | - | 1 | ウィダード・カサブランカ |
| アルアハリ | 2 | - | 0 | レクレティボ・リボロ |
| アルメリク | 1 | - | 0 | ワリ・ウルブズ |
| サヘル | 2 | - | 0 | オリンピック・フリブガ |
| ザマレク | 2 | - | 0 | ユニオン・ドゥアラ |
| ヤングアフリカンズ | 1 | - | 1 | APR |
| レオパーズ | 1 | - | 1 | サンダウンズ |
| ヴィタロ | 2 | - | 1 | エニンバ |
| 2016.3.20 2nd-leg |
| ASEC | 0 | - | 0 | カイザー・チーフス |
| MOベジャイア | 2 | - | 0 | クラブ・アフリカーン |
| アルヒラル | 2 | - | 1 | アルアハリ・トリポリ |
| コトン | 1 | - | 0 | ステイドマリエン |
| セティフ | 4 | - | 2 | エトワール・コンゴ |
| ホロヤ | 2 | - | 0 | ZESCOユナイテッド |
| マゼンベ | 1 | - | 0 | ケダス・ジョルギス |
| マプト | 1 | - | 1 | ビータ・クラブ |
